ينتمي ميشال فرعون الى عائلة مسيحيّة مؤمنة ومنفتحة في آن، إنطلاقاً من أنّ الدين تسامح ومحبّة لا انغلاق وتعصّب.
وعدا عن الدور الذي لعبه داخل طائفة الروم الملكيين الكاثوليك، كانت لفرعون اليد الطولى في ترميم وتجهيز وبناء الكثير من الكنائس وهو لم يميّز بين المذاهب والمناطق، كما كان حريصاً دوماً على أن هذا الدور ينبع من إرادة داخليّة ولا يتّصل بممارسته السياسيّة. لذا، تجنّب دائماً أيّ شكلٍ من أشكال الاستغلال للمبادرات الكثيرة في هذا المجال. ومن أبرز أماكن العبادة التي ساهم في تأهيلها كاتدرائيّة مار الياس في وسط بيروت.
كما تجدر الإشارة الى أن النائب ميشال فرعون دائم الحضور في مختلف المناسبات الدينيّة ويبدي احتراماً شديداً لمختلف المقامات الروحيّة الى أيّ طائفة انتمت، ويحرص على تحييد هذه المقامات عن الصراعات السياسيّة. وقد ساهم، مع عائلته، في تأهيل كنيسة المخلص، كما يشارك في تأهيل كاتدرائيّة مار الياس في وسط بيروت.